楊玉科想趁基隆空虛之時拿下這個要點，但行軍途中，又一則壞消息傳來，他派去支援臺灣城的部隊遭遇埋伏，損失慘重，退回嘉義。
    聯軍乘勝追擊隨即重新占領嘉義，然后集中兵力進攻彰化周圍的革命軍，革命軍不敵，北上與主力會合。聯軍再次掉頭，圍攻臺灣府。
    此刻，雙方位置對調，聯軍主力到了臺南，而革命軍主力到了基隆，雙方都想拿下對方的大本營。
    楊玉科皺著眉看著當前的形勢，一輪交戰革命軍現在只剩下不到四萬人，而且辛苦打下的嘉義被占領，可以說后路、補給全被掐斷。他現在有兩條路可以選擇，一是繼續進攻基隆，奪下港口，重新建立據點，另一條就是沿臺東返回臺南，支援臺灣城。但這條路路途遙遠，而他現在時間已經過去了一個多月，就算能保住臺南也是輸了。
    “全軍進攻基隆！”楊玉科咬牙道，他決定孤注一擲。
    基隆守軍有一萬五千人，但他們擁有完備的防御工事，死死抵住了革命軍的進攻。
    另一邊，聯軍圍攻五日后被判定攻下臺灣城，隨后陳玉成命令主力全部北上，準備與革命軍決戰。
    楊玉科此時大汗淋淋，教官們判定他的彈藥只夠堅持四天，而基隆卻仍未拿下。
    “可惡，決不能輸！”楊玉科繼續猛攻基隆。
    兵棋推演進入最后階段，革命軍終于攻下基隆，但聯軍主力已經到達，反將他們圍在城中。
    革命軍彈盡糧絕，在英國艦隊與聯軍的進攻下全軍覆沒。
    “推演結束，陳玉成的聯軍勝！”
    這一戰陳玉成充分發揮了他長途奔襲的能力，不計較城池的得失，調動楊玉科的部署，最終看準破綻，將楊玉科打敗。楊玉科的革命軍無論士氣、裝備都要優于聯軍，但還是一敗涂地，此刻終于意識到自己和陳玉成的差距。
    楊玉科低下高傲的頭顱，說道：“我輸的心服口服！”
    陳玉成一戰折服楊玉科，現在他可以安心的指揮獨立師了。
    蘇州，李秀成接連召開兩次戰前會議，部署天京解。九月，他親自督率侍王李世賢、護王陳坤書、聽王陳炳文、來王陸順德、堵王黃文金等十四個王十八萬人救援天京。
    此時，曾國荃會同曾寶貞、彭玉麟的水師共五萬余人在雨花臺下扎下營寨，深挖壕壘，一步步蠶食天京。
    天京城內，勇王羅大剛、干王洪仁玕曾數次帥軍進從城內攻曾國荃，無奈湘軍據壘而守，火器齊全，太平軍無功而返。
    十月初，李秀成率領大軍終于到達，隨即分為東西兩路進攻湘軍大營。
    曾國荃縮營自保，憑借深壕高壘，堅壁固守。太平軍離得遠就用開花彈轟炸。近了就用火槍，再近就用炮散彈，一輪下來，能沖進壕壘的太平軍極少。
    李秀成為此想個法子就是命令太平軍聽到炮聲就臥倒，然后利用填裝炮彈時間進攻，但收效甚微。
    曾國荃對付太平軍的進攻方式極為熟悉，他挖出三道壕壘，自己在最后一道督戰。
    這一日，李秀成集中五萬精銳，8000支火槍，50門火炮，猛烈進攻曾國荃大營。曾國荃也不甘示弱，集中6000火槍隊，40門火炮還擊，整個戰場喊殺動地，炮彈橫飛，煙火遮天，鉛彈如蝗。一個個太平軍身背木板，奮勇沖擊，激戰一直到深夜。就這樣，李秀成圍攻曾國荃所部整整七天，一直推到湘軍最后一道壘墻。
    “將軍，長毛賊攻勢不絕，將士們死傷極多，大營恐怕保不住了！”副將左傳貴對曾國荃說道。
    曾國荃怒道：“混賬，你不是還活著嗎，只要活著，就給我死死守住大營。我已經向后方請求援兵，不出兩日，就是我們反攻之時……”
    “轟轟！”
    曾國荃的話還未說完，就聽不遠處傳來兩聲巨響，腳下大地為之一顫，隨即，喊殺之聲從遠處傳來。
    “報將軍，壘墻被長毛賊炸開了兩個缺口！”
    曾國荃震驚非常，但到底是久經沙場之人，抄起身邊的戰刀，吼道：“所有能動的弟兄們，跟我將長毛賊打回去！”
    湘軍和太平軍在缺口處展開血腥激烈的爭奪，雙方擠在缺口處，相互砍殺。曾國荃親自帶兵拼殺，湘軍士氣大振，瘋狂堵擊太平軍，雙方在兩處缺口反復爭奪，死尸已經堆成一座小山。
    此刻，曾國荃手下兩個副將全部戰死，他自己的左臉也被削掉一塊皮肉，就當他快要堅持不住時，遠處傳來湘軍的歡呼聲，原來都阿興率領的第一批三千人援軍已經到達，有了生力軍的加入，湘軍很快將太平軍推到缺口之外，并用沙袋堵住。
    “都瘋子，你再來晚一會兒，估計就見不到我了！”曾國荃坐在地上喘著氣說道。
    都阿興笑道：“曾老九你不是自詡為九條命嗎，怎么怕了？”
    “廢話，老子還沒活夠，當然怕死了，你帶多少人來了？”
    都阿興答道：“總共一萬人，后面還有兩批。”
    “好，今晚咱們就反擊！”
    隨后曾國荃從曾寶貞手里調來五千人，又從彭玉麟的水師借來三千人，于當天深夜發動反擊，激戰至凌晨，太平軍被趕出清軍大營壕壘。
    遠處，親自督戰的李秀成看著退卻的太平軍也是無可奈何，這一戰，他動用的全是精銳，炮彈打了三千多發，還是沒能攻破曾國荃的大營。
    李秀成心有不甘，隨即改變戰術，進攻清軍補給線，他集中了一百艘戰船進攻江心島，企圖攻下這里的糧食轉運站，但湘軍的水師太強了，太平軍損失五千人后被迫退了回來。
    接著李秀成又想出一計，就是挖掘地道，利用炮火進攻掩護士兵挖掘，企圖直接攻進清軍大營。曾國荃身邊的幕僚想了個辦法，就是以挖對挖，從大營內部打通外部的太平軍地道，然后用水灌，用煙熏，甚至用火藥炸，竭盡所能破壞太平軍的地道。
    雙方就這樣僵持到入冬，雨花臺的清軍大營依然穩固如山，李秀成的士兵并沒有過冬的衣服，彈藥糧草將盡，只得下令撤圍，命侍王李世賢退守秣陵關、東壩、小丹陽等要點，自己則繞道進入天京覲見洪秀全。