脫脫及其對抗勢力，1340—1355年
驅逐伯顏的事變在一定程度上代表了蒙古年輕一代對年長一代的反叛，他們比老一代更適應中國社會。隨著伯顏的消失，重現忽必烈時代的努力作為一種政治理想已經消亡，政治沖突轉移到一個全新的意識形態戰場上。
脫脫約26歲，脫穎而出成為他那個時代最杰出的人物。他被描繪成一名高大強壯、武藝出眾的弓箭手。他當過10年怯薛，曾在內廷擔任要職，對幕后陰謀活動很內行。從他的南方漢人家庭教師吳直方那里，他也受過儒學訓練。
脫脫后來兩次任右丞相，一次從1340年至1344年，另一次從1349年至1355年。事實表明，在中央一級，晚元政治史發展有一定的周期循環，呈現出不同的行政管理集團相互接替的現象，各自采用一套不同的指導思想，平均周期約五年。自伯顏1333年至1340年當政之后，接下來的脫脫，任期為1340年至1344年。從1344年至1349年這段時間內，主要是別兒怯不花當政，然后脫脫又重掌朝政，時間為1349年至1355年。1355年以后，這種節奏中斷，那時元朝已開始土崩瓦解，內外交困的中央政府已不再能有效地對國家進行政治統治，但即使在朝廷已不再直接管理的那些地區，元朝還是被看作是正統的，還是人們效忠的中心。
乍看起來，這些關于對伯顏之后的政府的研究似乎對理解元朝的即將崩潰沒有關系，因為這些當政人物沒有一位缺乏主見或精力，全都愿意解決重大問題，拯救危機，作出改革。伯顏倒臺以后的當權人物個個精力旺盛，有眼光，有能力，不氣餒，也不倒退。脫脫執政時在政治上力爭中央集權，而別兒怯不花時期則相反，盡可能給地方以權力，發揮地方上的主動性。元朝崩潰的責任由誰來負似乎極成問題：到底是當政者個人還是制度的缺陷，抑或中國的危機過于嚴重，以致政府根本不可能控制。
脫脫的首任期肯定顯示出了一種新的生機。年輕的首腦人物迅速表現出他的統治與伯顏完全不同。新年號的制定就是為表明這一點。伯顏實行的清洗被制止了，那些伯顏規定漢人不能充任的職位又對他們開放了。許多名儒曾自愿引退或被放逐，現在又返回京城。科舉恢復。伯顏的舊部下被解職。伯顏解職之后僅僅一個月就死于放逐的途中。
在為中央政府指出一個新的正確方向上，脫脫顯示了某些早期跡象。他帶頭盡力修建一條從大海經大都到山西這個政府也使皇帝妥歡貼睦爾得以以新的面目出現?，F在他19歲。在策劃反伯顏的事變中起了次要的作用。1340年7月年輕的皇帝對其已故的叔叔圖帖睦爾進行了譴責，撤掉了他在太廟中的牌位，將皇太后卜答失里（即他的嬸嬸）逐出流放，將堂弟，也就是預定的接班人燕帖古思也安排流放，接下來的暗殺也有可能是他安排的。他將自己尚是嬰孩的兒子愛猷識理達臘交給脫脫家撫養?，F在這位統治者親自主持國家的祭孔典禮，聆聽儒家經典的講解，舉行國宴。
在全國各地發生了一系列地方性的起義之后，皇帝于1344年6月接受了脫脫不尋常的辭職請求。這時期的一個主要人物是別兒怯不花，他做過行省長官，十分得力。在對1341年杭州大火進行善后處理時，他體會到，為了賑災，有時不得不違反中央制定的規章，不然就來不及了。
妥歡貼睦爾也在這個新舉措中參加了一些方面的工作。他親自告誡新上任的地方官要有所作為，他也參與了對那些在地方上政績卓著者的獎勵與晉升。
然而這些行政上的新嘗試并未使元代中國的問題減少，反而在14世紀40年代日益增加，其性質、規模使得那些地方官或安撫地方的官員束手無策，因為他們只能做到零敲碎補。中央政府現在還面臨著持續不斷的財政收入下跌。海道漕運大幅度下降，由1329年334萬石的高峰降到1342年的260萬石；此外，自1348年起，方國珍弟兄為首的海盜活動持續不斷，政府對他們鎮壓不下去，只得試圖安撫。脫脫以及他那一派人很積極很熱心。據記載：
脫脫有意興作，蓋為前相無聞，其禮樂文章制度之事漠如也。欲大有為，以震耀于天下，超軼祖宗舊法，垂名竹帛于無窮也。
這些話是否準確地反映出當時的樂觀情緒還有爭論。但可以肯定的一點是，在中央政府的圈子里存在著一股堅定的信念：危機是能夠解決的，只要從上層下達命令，一夜之間就可以重建一個世界。如果沒有這個信念，就不會有后來的任何努力。
脫脫所有的新措施都是要保證中央的指導與控制。若按年代順序，脫脫的第一個重大舉措是必須立即廣開財源。但他認為增加土地、鹽業、商業等傳統稅收的稅率是不可行的，這些稅收大多都在不斷收縮。接著是1350年底決定印行新紙鈔（但卻并沒有財源做后盾）,1351年首批就印行了價值200萬錠的紙鈔，政府就靠這些紙鈔的流通來支付勞工與材料的費用。
政府急迫地應付了經濟問題之后，于1351年4月宣布了治理黃河的計劃，決定重修黃河下游河道，使之再從山東半島以南入海。反對此計劃的意見不少。脫脫和他的同僚也很清楚，還從沒人干過這樣的工程。但在通過發行紙鈔而籌集的資金基礎上，1351年5月就開始了黃河河道工程，同年12月勝利完工；17萬兵士與鄉民參加了修河。歐陽玄代表官方撰寫紀念文章——《至正河防記》，從技術上詳細描寫了水利工程所取得的重大成就，以示慶賀。
與此同時，與黃河工程有一段距離的淮河流域1351年夏發生決口。民眾的起義接二連三，這些起義迅速擴展，成為全國性的社會大爆炸。土匪、宗教信徒，以及其他叛逆者日益狂暴，他們一地又一地占領城市、搶劫店鋪、殺害官員，向地方上復仇。關于這些起義，劍橋中國史另有詳述
有些人認為元朝的正規軍由于腐化、管理不當等原因，已蛻化到在動亂時不能保衛王朝了。
脫脫不但能設法創造一個全國性的鎮壓機器，而且能有效地控制它，這點的確很不簡單。時不時地建立與解散較大的軍事組織，經常不斷地將軍隊將領從一地區調到另一地區，任何一個政府部門或王侯任命的頭目都不允許左右一次較大的行動，精心地從組織上將后勤保障與其他軍事行動區別開來。依靠上面幾條，脫脫能夠防止軍權下落到地方手中，也能防止軍隊將領在行省一級建立起自己的權力基礎。至于那些最大的行動，至少是那些最具象征意義的行動，脫脫都是親自指揮，如他成功地于1352年重新占領今江蘇西北的徐州這個極其重要的行政管理中心，使淮河流域又恢復了秩序。
當進行這些軍事行動的時候，來自南方的漕運停止了。脫脫不與仍舊活躍的海盜方國珍談判恢復漕運，而是決定在京郊解決糧食供應問題。這個決定與脫脫一向把行政管理權集中在中央的努力是一致的。這是一個相當龐大、極端昂貴的行動，新發行了價值500萬錠的紙鈔作為撥款，相當于黃河改道工程費用的兩倍半。
元朝時期中國北方異常潮濕，提早進行的試種證明了那里確實可以種植水稻。分司農司于1353年建立，從南方招募了2000名修堤者和種稻農民，發給他們錢鈔，在這里工作一年，作為當地農民的技術指導，因為當地農民不會種稻。另外，又從山東遷來一些農民以增加當地人口。國家還在河南行省及遼陽行省南部建起了屯田。由于脫脫政治上的驟然倒臺以及內戰的繼續，這些國家所屬的屯田實際上成功與否并不很清楚。但是企圖一夜之間就將中國北方千年農業傳統改換過來的大膽計劃，是脫脫認為振作起來的政府有無限能力的一個典型例子。
1354年底，脫脫親自率領了第二次軍事大討伐。這次是進攻揚州北面大運河附近的高郵。高郵被原鹽販子張士誠所占領。這次討伐成了脫脫最后一次的官方行動。如果這次圍攻高郵實際上能迫使張士誠投降（它幾乎成為現實），那么全國起義的支柱毫無疑問將會遭到破壞。果若如此，那些仍在活動著的起義者，就會因被追捕而東躲西藏，他們幾乎不可能幸存下來。然而，就在圍攻進行之時，妥歡貼睦爾出人意料地在一個錯誤的時機作出一個錯誤的判斷，他下令將脫脫解職，并將其流放。很不幸，脫脫出于對朝廷的忠誠而服從，高郵之圍因此而解。元朝喪失了軍事與政治的主動權，幾乎馬上就要平息的起義又采取新的形式復蘇了。而正是在這一反復中，一個新王朝明朝出現了，十三年之后，明朝重新統一了中國。
脫脫為什么被解職？似乎有多種原因，其中之一可能是已成常規的政府每五年一換班的周期所致。每經過五年左右的時間，晚元統治集團的各派系中，腐化、寵信以及個人感情的嫌惡似乎就達到某種嚴重的地步。脫脫的周期也不例外，正是他自己的一個不忠的追隨者哈麻在宮廷角逐中所起的重要作用導致了他的垮臺。而且，脫脫雄心勃勃的舉措已走上正軌，目標幾乎都已達到，黃河被馴服，各處的叛亂活動幾乎被摧毀。在脫脫的國事日程上，除了一些細節也沒有什么可做的了。換屆的時候到了。
在這一點上，人們還應認識到，那些在政府中反對脫脫的人，與其說他們是出于個人的立場，不如說是因為他們相信應當用不同的手段達到目標，用不同的方式進行統治。脫脫大刀闊斧的行動要求紀律與中央集權：御史臺受到控制，行省和地方官員幾乎沒有主動性；軍事將領在行動中也僅有最小限度的行動自由。有明確的證據證明，1344年至1349年在職的行政官員中至少有一部分人不喜歡脫脫的嚴密控制，并對脫脫向忠于他的那派人給予的保護有怨恨情緒。這些人現在要求恢復到分權的統治狀態，要求在制度上給地方和個人以更大范圍的主動性。這種觀念上的沖突使人想起北宋晚期改革派與保守派之間的斗爭。
妥歡貼睦爾也有他自己的原因要撤換脫脫。脫脫像他的前任、他的叔叔伯顏一樣，已經掌握了相當大的權力。或許是由于不經心，他未能及時表示同意將愛猷識理達臘冊立為皇太子，從而顯露了他的這種權勢。對此，妥歡貼睦爾極為惱火和不滿。是什么破壞了丞相與皇室之間的關系呢？
當時妥歡貼睦爾34歲，從各個方面都表現出已進入一種半退休的狀態。同時，妥歡貼睦爾采取了一系列步驟讓長子愛猷識理達臘學習并擔負起一些統治方面的責任。1354年愛猷識理達臘約15歲，他9歲時曾學過回鶻文（畏兀兒文）,10歲學漢字。之后不久的1349年，在舉行了精心準備的隆重儀式后，特別為愛猷識理達臘在宮內修建了一所特殊的漢式學校，有九位老師任教。其中資格最老的李好文特地為他年輕的學生編寫了與漢文主題有關的四冊課本。
四年之后妥歡貼睦爾又為繼承人建立了詹事院，至少有83名官員與辦事人員。此外，愛猷識理達臘的獨立辦事機構掌管著一個禮儀衛隊以及兩個衛軍機構，愛猷識理達臘個人有250名怯薛歹。他們得到2.75萬錠的補助，而愛猷識理達臘的夫人則得到10萬錠以上。一座沒有使用過的宮殿經過修繕后讓愛猷識理達臘居住。愛猷識理達臘還有特權任命自己的官員。1354年年底（脫脫在外征討）愛猷識理達臘被授權審理所有上報他父皇的官方奏折。總之，妥歡貼睦爾在很大程度上在皇宮內創造了一個新的、大的、昂貴的、有影響的政治中心，以他指定的繼承人為首。只剩下舉行冊封皇太子的正式典禮了。
脫脫拖延這個典禮，顯然是因為他意識到愛猷識理達臘的崛起對他是一個威脅。但事實上愛猷識理達臘與脫脫關系十分密切。他的童年是在脫脫家度過的，他10歲時的啟蒙漢語書是《孝經》，他的導師是脫脫家的家庭教師鄭深。拖延的另一個原因可能是愛猷識理達臘不是正宮之子，脫脫認為他不夠格。愛猷識理達臘的母親原先是添茶倒水的宮女，出身高麗。妥歡貼睦爾很寵愛她，1340年立她為“第二皇后”。當時不少人反對這一舉動，因為蒙古人給予高麗人的地位從來很低，她的新地位對元與高麗之間的復雜關系會產生影響。