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• 序章
• 第1回 忍者大學
• 第2回 智者智術
• 第3回 陷阱教室
• 第4回 忍者推理
• 第5回 新生歸位
• 第6回 入學測試
• 第7回 標答共享
• 第8回 全員生還
• 第9回 處高臨深
• 第10回 影子副長
• 第11回 敵友一念
• 第12回 新的挑戰
• 第13回 鏡中的我
• 第14回 同途殊歸
• 第15回 光暗同堂
• 第16回 狹路重逢
• 第17回 整裝待發
• 第18回 軍訓前奏
• 第19回 山溪間奏
• 第20回 暗夜尾奏
• 第21回 訪客將至
• 第22回 虞詐森林
• 第23回 困獸猶斗
• 第24回 否極泰來
• 第25回 外部試煉
• 第26回 內部試煉
• 第27回 沆瀣相逢
• 第28回 無火之炊
• 第29回 簡易火遁
• 第30回 溫柔獠牙
• 第31回 皆入彀中
• 第32回 籌碼豐收
• 第33回 互引輕敵
• 第34回 外場激蕩
• 第35回 精英班級
• 第36回 四刃之劍
• 第37回 光榮孤立
• 第38回 殼內乾坤
• 第39回 噬雀之蟬
• 第40回 末路窮途
• 第41回 顛黑倒白
• 第42回 微緲病菌
• 第43回 天上伏兵
• 第44回 營內營外
• 第45回 教官之戰
• 第46回 今昔對照
• 第47回 變與未變
• 第48回 體術之智
• 第49回 獅子再臨
• 第50回 刮目相看
• 第51回 消極爭勝
• 第52回 終點在望
• 第53回 破曉空洞
• 第54回 偶然必然
• 第55回 時間面團
• 第56回 戛然而止
• 第57回 人造賽點
• 第58回 升天之箭
• 第59回 塵埃落定
• 第60回 幽風徐來
• 第61回 幽風撲面
• 第62回 幽風過崗
• 第63回 烏云密布
• 第64回 校訓鐘鳴
• 第65回 動員大會
• 第66回 追本溯源
• 第67回 歷史沉沙
• 第68回 刺客遠脈
• 第69回 入會邀請
• 第70回 同道異謀
• 第71回 幽靈悖論
• 第72回 單人寢室
• 第73回 三人寢室
• 第74回 謎猶未盡
• 第75回 舊事新解
• 第76回 一副撲克
• 第77回 蛇形無常
• 第78回 相識時刻
• 第79回 清水自薦
• 第80回 草附孤石
• 第81回 尺布斗粟
• 第82回 商道詭道
• 第83回 勝負模棱
• 第84回 鬼影幢幢
• 第85回 校徽與書
• 第86回 遞進目標
• 第87回 無名之人
• 第88回 開課之前
• 第89回 無光無聲
• 第90回 觸碰黑暗
• 第91回 一次邂逅
• 第92回 二次邂逅
• 第93回 忍派數學
• 第94回 各自的夜
• 第95回 實用結印
• 第96回 六甲秘祝
• 第97回 問答中止
• 第98回 身份披露
• 第99回 不意之怨
• 第100回 明槍暗箭
• 第101回 遠客來訪
• 第102回 萬川集海
• 第103回 忍界大觀
• 第104回 甲賀一隅
• 第105回 名社源流
• 第106回 和平甲伊
• 第107回 忍者協會
• 第108回 藤林家門
• 第109回 正在發生
• 第110回 故人再會
• 第111回